Der zweit längste Strom Europas, die Donau, ist in Deutschland für Flusskreuzfahrten besonders populär. Von ihrer Quelle im Schwarzwald bis zur Mündung im Schwarzen Meer durchkreuzt der Fluss faszinierende Landschaften und ermöglicht eine Reise quer durch Europa. Eine wichtige deutsche Reisestation bei Donaukreuzfahrten ist Passau. Die bayerische Universitätsstadt am Zusammenfluss von Donau, Inn und Ilz wird auch Dreiflüssestadt genannt und fesselt Kreuzfahrer regelmäßig mit ihrem reichen kulturellen Erbe. An Bord der A-ROSA Kreuzfahrtschiffe wird die Fahrt zum besonderen Genuss, denn die Reederei gehört zu den Anbietern, die Donau Schiffsreisen regelmäßig im Programm haben. Dabei begeistern insbesondere spezielle Themenreisen. Ganz unterschiedliche Themen- und Erlebnisreisen sind auch bei Rhein Flusskreuzfahrten denkbar. Die Täler, die der Fluss durchkreuzt, sind reich an Natur- und Kulturschätzen. Durch die Anbindung zu Mosel, Main und anderen deutschen Flüssen werden im Großraum Rhein die verschiedensten Kreuzfahrten angeboten.

Bei Radissimo Flusskreuzfahrten auf deutschen Wasserstraßen kann man die entspannte Schiffsreise mit einem individuellen Radurlaub verbinden. Der Anbieter hat sich insbesondere auf die Kombination beider Reiseformen spezialisiert und ermöglicht Kreuzfahrern - mit einem schwimmenden Hotel im Rücken - die Flusstäler vom Promenadendeck oder per Fahrrad zu erkunden. Zu den wichtigen deutschen Wasserstraßen gehört auch die Elbe. Flusskreuzfahrten führen auf der Gesamtstrecke von der Hansestadt Hamburg bis ins Nachbarland Tschechische Republik zu vielen verschiedenen Reisezielen. Kaiser- und Domstädte, die faszinierende Landschaft des Elbsandsteingebirges oder das Elbtal als führende Weinregion gilt es zu entdecken. Bei der Reederei Viking gehört die Viking Schumann zu den Flusskreuzfahrtschiffen, die regelmäßig auf der Elbe unterwegs sind.